O composto formado no final da cadeia de transporte de elétrons é água (h₂o) .

Aqui está como isso acontece:

* Os elétrons são passados pela corrente: Os elétrons, transportados por NADH e FADH₂, são passados de uma molécula de transportadora de elétrons para outra dentro da cadeia de transporte de elétrons. Este processo libera energia.
* Os prótons são bombeados pela membrana: A energia liberada do movimento eletrônico é usada para bombear prótons (íons H⁺) da matriz mitocondrial através da membrana mitocondrial interna no espaço intermembranar.
* O gradiente de prótons é estabelecido: Esse bombeamento cria um gradiente de prótons, com uma maior concentração de prótons no espaço intermembranar.
* Protons fluem de volta através da ATP sintase: Os prótons fluem de volta pela membrana pelo seu gradiente de concentração através de um complexo de proteínas chamado ATP sintase.
* ATP é produzido: Esse fluxo de prótons impulsiona a produção de ATP (adenosina trifosfato), a moeda de energia primária da célula.
* A água é formada: No final da cadeia, os elétrons de baixa energia são passados para o oxigênio molecular (O₂), que combina com prótons para formar água.

A reação geral é:

4h⁺ + 4e⁻ + o₂ → 2h₂o