A diferença mais óbvia entre células procarióticas e eucarióticas é a presença de um núcleo .

* células eucarióticas tem um núcleo verdadeiro fechado por uma membrana, que abriga seu DNA.
* células procarióticas falta um núcleo e seu DNA está localizado em uma região chamada nucleóide , que não é fechado por uma membrana.

Essa diferença na organização do DNA é fundamental e leva a muitas outras diferenças na estrutura e função desses dois tipos de células.