A primeira pessoa a observar bactérias usando um microscópio foi Antonie van Leeuwenhoek No final dos anos 1600.

Embora ele não fosse um cientista treinado, ele era um draper holandês e um moedor de lentes que tinha um talento notável para a criação de microscópios. Ele usou seus microscópios para examinar uma grande variedade de espécimes, incluindo água da lagoa, água da chuva e sua própria saliva. Foi nessas amostras que ele observou pequenas criaturas em movimento, que ele chamou de "AnimalCules".

Essas "animais" eram na verdade bactérias, e as observações de Leeuwenhoek foram inovadoras, pois revelaram um mundo totalmente novo de vida microscópica que era anteriormente desconhecida.