Streptococcus pneumoniae, como todos os organismos vivos, codifica sua informação genética em ácido desoxirribonucleico (DNA) .

Enquanto alguns vírus usam o RNA como material genético, todas as bactérias conhecidas, incluindo S. pneumoniae, armazenam suas informações genéticas no DNA. Esse DNA é organizado em um único cromossomo circular.