O grupo procariótico mais intimamente relacionado aos eucariotos é o Archaea .

Aqui está o porquê:

* Recursos compartilhados: Archaea e eucariotos compartilham vários recursos exclusivos não encontrados em bactérias, como:
* Estruturas genéticas e mecanismos de transcrição semelhantes
* Estruturas de ribossomo semelhantes
* A presença de proteínas do tipo histona que ajudam a organizar o DNA
* O uso de lipídios semelhantes de membrana

* Evidência filogenética: Estudos filogenéticos moleculares, particularmente aqueles que analisam sequências de RNA ribossômico, apóiam fortemente a idéia de que Archaea e Eukarya compartilham um ancestral comum, formando um clado chamado "Tokaryotes" .

Embora as bactérias também compartilhem algumas semelhanças com eucariotos, elas têm uma história evolutiva fundamentalmente diferente. A estreita relação entre Archaea e Eukarya é apoiada por uma vasta quantidade de evidências científicas e é amplamente aceita na comunidade científica.