Os procariontes são classificados em dois domínios diferentes:

* Bactérias : Este é o grupo de procariontes mais diversificado e abundante. Eles são encontrados em quase todos os ambiente da Terra, incluindo solo, água e corpo humano. As bactérias podem ser benéficas, como as envolvidas na fixação de nitrogênio e na produção de alimentos, ou prejudiciais, como as que causam doenças.

* Archaea: Esses procariontes são frequentemente encontrados em ambientes extremos, como fontes termais, lagos de sal e aberturas de mar. Eles têm características bioquímicas únicas que os distinguem das bactérias, incluindo diferentes estruturas de parede celular e lipídios da membrana. Algumas archaea desempenham papéis importantes no ambiente, como na produção de metano.