Não existe um nome científico único para um microrganismo. "Microrganismo" é um termo geral que se refere a qualquer organismo que seja pequeno demais para ser visto a olho nu, incluindo:

* Bactérias : por exemplo *Escherichia coli*
* vírus: por exemplo *Vírus influenza*
* fungos: por exemplo *Candida albicans*
* protozoa: por exemplo *Plasmodium falciparum*
* algas : por exemplo *Chlamydomonas Reinhardtii*

Cada um desses grupos possui seu próprio sistema de classificação científica com nomes específicos para espécies individuais.