Mitocôndrias são cercadas por duas membranas :

* membrana externa: Esta membrana é suave e permeável a pequenas moléculas.
* Membrana interna: Esta membrana é altamente dobrada em Cristae, que aumenta sua área de superfície. É menos permeável e contém muitas proteínas envolvidas no transporte de elétrons e na produção de ATP.

O espaço entre essas duas membranas é chamado de espaço intermembranar , enquanto o espaço fechado pela membrana interna é chamado de matriz .