Euglena gracilis é classificada dentro do filum euglenozoa dentro da Protista do Reino. Aqui está um colapso de sua classificação:

* domínio: Eukarya
* Reino: Protista
* filo: Euglenozoa
* classe: Euglenophyceae
* Ordem: Euglenales
* Família: Euglenaceae
* gênero: Euglena
* Espécies: Euglena gracilis

É importante observar que a classificação dos organismos pode mudar à medida que a compreensão científica evolui.