Nas células eucarióticas, o mRNA está localizado no citoplasma, especificamente nas regiões próximas aos ribossomos, onde ocorre a síntese protéica. Após a transcrição no núcleo, as moléculas de mRNA são transportadas para o citoplasma através dos poros nucleares. Eles então se ligam aos ribossomos, onde servem como modelos para a síntese de proteínas.