Os fungos são tradicionalmente classificados em diferentes filos com base em várias características principais, incluindo:

1. Composição da parede celular :
- Quitrídeos:paredes celulares dos fungos compostas principalmente por quitina.
- Zigomicetos:As paredes celulares dos fungos consistem principalmente de quitina.
- Ascomycota:As paredes celulares dos fungos são constituídas por quitina e glucano.
- Basidiomycota:As paredes celulares dos fungos são compostas por quitina, glucano e outros polissacarídeos.

2. Produção e Morfologia de Esporos :
- Quitrídeos:Produzem esporos móveis conhecidos como zoósporos.
- Zigomicetos:Formam esporos imóveis chamados zigósporos.
- Ascomycota:Produzem esporos imóveis produzidos em sacos conhecidos como asci.
- Basidiomycota:Desenvolvem esporos imóveis formados em estruturas em forma de taco chamadas basídios.

3. Estrutura do Talo :
- Quitrídeos:Tipicamente unicelulares ou possuem hifas simples e não septadas.
- Zigomicetos:Freqüentemente apresentam micélios cenocíticos (hifas sem septos).
- Ascomycota:Normalmente apresentam hifas septadas com hifas ascógenas e corpos frutíferos chamados ascos.
- Basidiomycota:Geralmente possuem hifas septadas, estruturas reprodutivas especializadas (basídios) e corpos de frutificação intrincados.

4. Reprodução :
- Quitrídeos:Reprodução assexuada por zoósporos, reprodução sexuada via gametas.
- Zigomicetos:Predominantemente assexuados por produzirem esporangiósporos, a reprodução sexuada envolve conjugação de hifas.
- Ascomycota:Capaz de reprodução assexuada e sexuada através da formação de conídios e ascósporos, respectivamente.
- Basidiomycota:reproduzem-se assexuadamente através de conídios, botões ou fragmentação, enquanto a reprodução sexuada ocorre através da fusão de hifas e formação de basídios e basidiósporos.

5. Funções ecológicas :
- Quitrídeos:Frequentemente sapróbios ou parasitas de plantas e animais.
- Zigomicetos:Comuns como sapróbios e envolvidos na deterioração de alimentos, também incluem espécies parasitas.
- Ascomycota:Grupo diversificado com muitas espécies sapróbicas, parasitas e simbióticas, incluindo leveduras e líquenes.
- Basidiomycota:Inclui muitos fungos produtores de cogumelos, fungos que decompõem a madeira e fungos micorrízicos simbióticos.

Ao considerar estas características, os micologistas classificam os fungos em diferentes filos, refletindo as suas características biológicas únicas e papéis ecológicos.