1. Anatomia Comparada:
A comparação das estruturas físicas de diferentes espécies pode revelar relações evolutivas. Estruturas homólogas, como os membros anteriores de humanos, morcegos e baleias, desempenham funções semelhantes apesar das diferenças na aparência, sugerindo um ancestral comum.

2. Embriologia:
Estudar o desenvolvimento de embriões entre espécies revela semelhanças nos estágios iniciais, mesmo entre organismos distantemente relacionados. Isto sugere ancestralidade compartilhada através de processos evolutivos.

3. Registros fósseis:
Os fósseis fornecem evidências diretas de vidas passadas e ilustram as mudanças graduais nas espécies ao longo do tempo. Fósseis de transição, como o Archaeopteryx, apresentam características tanto de répteis quanto de aves, demonstrando transições evolutivas.

4. Biologia Molecular e Genética:
A comparação de sequências de DNA e proteínas revela semelhanças genéticas entre espécies. Quanto mais semelhantes forem as sequências, mais próxima será a relação evolutiva. Os relógios moleculares estimam as divergências evolutivas com base nas taxas de mutação.

5. Biogeografia:
Os padrões de distribuição geográfica das espécies podem revelar histórias evolutivas. Espécies intimamente relacionadas tendem a ser encontradas nas mesmas regiões geográficas devido à ancestralidade compartilhada e à capacidade limitada de dispersão.

6. Radiação Adaptativa:
Diversificação de espécies em diferentes formas para adaptação a ambientes específicos. Os tentilhões das Ilhas Galápagos demonstram radiação adaptativa, com diferentes formatos de bico para dietas variadas.

7. Seleção Artificial:
O melhoramento selectivo de plantas e animais domesticados acelera a evolução numa escala de tempo mais curta, demonstrando os princípios da selecção natural.

8. Extinção e Especiação:
Estudar a extinção e o surgimento de espécies ao longo de períodos geológicos fornece evidências de mudanças evolutivas e do impacto das mudanças ambientais.

9. Evolução Convergente:
Espécies não relacionadas que desenvolvem características semelhantes devido a pressões ambientais semelhantes. Por exemplo, o formato aerodinâmico do corpo de golfinhos, pinguins e ictiossauros.

10. Estruturas Vestigiais:
Alguns organismos possuem estruturas vestigiais, restos de órgãos ou características que serviram a um propósito em espécies ancestrais, mas que desde então perderam a sua função original.

11. Endemismo:
A presença de espécies únicas em uma área geográfica específica sugere isolamento e evolução de longo prazo naquela região.

Estas linhas de evidência fornecem um apoio convincente à teoria da evolução, demonstrando a interligação das formas de vida e dos processos que moldam a biodiversidade ao longo do tempo.