A ausência de um envelope nuclear em procariontes não impede que a célula controle a expressão genética modificando o RNA após a transcrição. Os procariontes possuem vários mecanismos para controlar a expressão gênica no nível do RNA, incluindo edição de RNA, controle de estabilidade de RNA e regulação da tradução. Por exemplo, riboswitches são sequências reguladoras de RNA que podem se ligar a pequenas moléculas e controlar a expressão genética, alterando a estrutura da molécula de RNA e afetando sua tradução. Além disso, os sistemas CRISPR-Cas usam nucleases guiadas por RNA para editar ou clivar moléculas de RNA, fornecendo outro mecanismo para controlar a expressão gênica em procariontes.