Fluxo endosmótico refere-se ao movimento do solvente (geralmente água) através de uma membrana semipermeável em resposta a um gradiente de potencial elétrico. No contexto da eletroforese, o fluxo endosmótico pode ocorrer quando um campo elétrico é aplicado através de um gel ou membrana que contém partículas carregadas.

Quando um campo elétrico é aplicado, partículas carregadas positivamente (cátions) no gel ou membrana se moverão em direção ao eletrodo negativo (cátodo), enquanto partículas carregadas negativamente (ânions) se moverão em direção ao eletrodo positivo (ânodo). Este movimento de partículas carregadas cria uma diferença na pressão osmótica entre os dois lados da membrana. O lado da membrana que contém a maior concentração de cátions terá uma pressão osmótica mais alta do que o lado que contém a maior concentração de ânions.

Como resultado desta diferença na pressão osmótica, as moléculas de água se moverão do lado da membrana com menor pressão osmótica para o lado com maior pressão osmótica. Este movimento das moléculas de água é denominado fluxo endosmótico.

O fluxo endosmótico pode ter vários efeitos na separação eletroforética de partículas carregadas. Primeiro, pode fazer com que as partículas se movam mais rápido ou mais devagar do que fariam na ausência de fluxo endosmótico. Em segundo lugar, pode mudar a direção do movimento das partículas. Terceiro, pode fazer com que as partículas se espalhem mais ou menos do que aconteceriam na ausência de fluxo endosmótico.

Os efeitos do fluxo endosmótico na separação eletroforética podem ser controlados pela manipulação da composição do gel ou membrana e da intensidade do campo elétrico.