Mycobacterium tuberculosis, como todas as bactérias, emprega proteólise para degradar proteínas e peptídeos desnecessários, mal dobrados e danificados em blocos de construção moleculares básicos - aminoácidos. Existem dois sistemas proteolíticos essenciais (conhecidos como proteases dependentes de ATP):protease ClpP e protease Lon. Cada um desempenha um papel importante e bem caracterizado no controle de qualidade de proteínas bacterianas e no controle de virulência em M. tuberculosis.