Pesquisadores concluem análise do genoma mitocondrial da planta ameaçada Primulina hunanensis
Mapa MtDNA de P. hunanensis. Crédito:WBG Primulina hunanensis é uma erva perene do gênero Primulina Hance da família Gesneriaceae. É muito adaptável a ambientes de cavernas áridas e com pouca luz e é único na evolução de suas espécies e adaptação ambiental. P. hunanensis tem lindas flores e um formato gracioso que o torna valioso para o cultivo hortícola.
No entanto, o seu habitat é único e a sua área de distribuição é extremamente estreita, ocorrendo apenas num condado da província de Hunan. A população selvagem é estimada em menos de 800 plantas e é classificada como planta ameaçada de extinção, representando uma população muito pequena de plantas selvagens em Hunan.
A pesquisa do genoma mitocondrial (mtDNA) também tem sido aplicada à conservação de plantas e ao melhoramento genético. Em Gesneriaceae, foi relatado mtDNA de apenas duas espécies.
Pesquisadores do Jardim Botânico de Wuhan da Academia Chinesa de Ciências, em colaboração com pesquisadores da Universidade Normal de Hunan, completaram pela primeira vez o sequenciamento e montagem do mtDNA completo de P. hunanensis usando a mais recente tecnologia de sequenciamento com a vantagem de longo -lê (Nanopore).
Os resultados foram publicados na BMC Genomics intitulado "Montagem e análise comparativa do genoma mitocondrial completo inicial de Primulina hunanensis (Gesneriaceae):uma planta em extinção que vive em cavernas."
Os pesquisadores analisaram as características do mtDNA de P. hunanensis, incluindo conteúdo genético, preferência de uso de códons, sequências repetitivas, edição de RNA e relações filogenéticas comparativas e covariância do genoma com o mtDNA publicado em Labiatae.
Eles descobriram que o mtDNA de P. hunanensis tinha 575.242 pb de comprimento total, com um conteúdo de GC de 43,54%. Dados de leitura longa apoiaram a montagem em uma estrutura linear que codifica um total de 60 genes, incluindo 37 genes codificadores de proteínas, 20 genes de RNA de transferência e três genes de RNA ribossomo.
As associações filogenéticas de P. hunanensis ao lado de 32 outras espécies de plantas. Árvore filogenética construída pelo método de máxima verossimilhança com base em 26 PCGs genômicos mitocondriais conservados. Crédito:WBG
Além disso, os genes codificadores de proteínas representaram 9,32% do comprimento total do mtDNA, e um total de 31 códons tiveram valores relativos de uso de códons sinônimos superiores a 1.116 repetições simples, sete repetições em tandem e 362 sequências de repetição dispersas foram detectadas e 455 potenciais Locais de edição de RNA foram identificados.
Os resultados de covariância indicaram um grande número de rearranjos genômicos entre P. hunanensis e espécies intimamente relacionadas. A topologia da filogenia baseada no genoma mitocondrial mostrou que P. hunanensis estava intimamente relacionado com Boea hygrometrica.
Este é o primeiro mtDNA completo dentro de Primulina e o terceiro mtDNA completo dentro de Gesneriaceae a ser relatado, o que é uma adição importante ao banco de dados limitado de mtDNA de plantas.
