A bacia do rio Níger experimenta uma ampla gama de tipos de clima, mas três principais se destacam:

1. tropical úmido e seco (savana): Este é o tipo climático mais prevalente na bacia, cobrindo a maior parte de sua área. É caracterizado por uma estação chuvosa distinta (normalmente de maio a outubro) com fortes chuvas, seguidas de uma longa estação seca (de novembro a abril) com pouca ou nenhuma chuva. As temperaturas geralmente são altas o ano todo, com uma ligeira queda durante a estação seca.

2. semi-árido (Steppe): Esse tipo de clima ocorre nas partes norte e leste da bacia, na fronteira com o deserto do Saara. Recebe menos chuvas do que a savana, com uma estação chuvosa mais curta e uma estação seca mais longa e mais pronunciada. As temperaturas são extremamente quentes durante o dia, com noites frias.

3. e deserto): Esse tipo de clima é encontrado no extremo norte da bacia, no próprio deserto do Saara. As chuvas são extremamente escassas, geralmente menos de 100 mm por ano. As temperaturas estão muito quentes ao longo do ano, atingindo elevações extremas durante os meses de verão.

Esses são apenas os principais tipos climáticos da bacia do rio Níger. Dentro de cada uma delas, existem variações nas chuvas, temperatura e outros fatores que contribuem para uma gama diversificada de microclimatos na bacia.