O bombeamento de águas subterrâneas pode afetar o fluxo dos rios de diversas maneiras:

- Fluxo de base reduzido: A descarga de água subterrânea contribui significativamente para o fluxo de base, a porção do fluxo que é sustentada durante os períodos de seca. Quando o bombeamento das águas subterrâneas excede a taxa de recarga natural, pode levar a um declínio nos níveis das águas subterrâneas e a uma redução no fluxo de base. Isto pode ter impactos ecológicos significativos, uma vez que o fluxo de base é essencial para a manutenção dos habitats aquáticos durante as secas.


- Aumento dos fluxos chamativos: O bombeamento de águas subterrâneas também pode alterar o tempo do fluxo. Quando os níveis das águas subterrâneas são reduzidos, o lençol freático desce abaixo do leito do rio, criando um gradiente vertical que permite que a água se infiltre rapidamente no solo. Isto pode resultar num aumento de fluxos intermitentes, onde o fluxo aumenta e diminui rapidamente em resposta a eventos de chuva. Fluxos intensos podem causar erosão nos canais, danificar infraestruturas e perturbar ecossistemas aquáticos.


- Mudanças na qualidade da água: O bombeamento de águas subterrâneas também pode afetar a qualidade do fluxo. Quando os níveis das águas subterrâneas são reduzidos, a água que entra no riacho pode ser de pior qualidade, pois pode conter concentrações mais elevadas de contaminantes como nitratos, pesticidas e metais pesados. Isto pode ter impactos prejudiciais na vida aquática e na saúde humana.


- Perda de habitat: O bombeamento de águas subterrâneas também pode levar à perda de habitat aquático. Quando os níveis das águas subterrâneas diminuem, pode causar a secagem de nascentes e zonas húmidas, que são habitats essenciais para muitas espécies de plantas e animais. A perda destes habitats pode perturbar as cadeias alimentares e ter impactos em cascata em todo o ecossistema.