Você está certo em ressaltar que o oxigênio na atmosfera existe como moléculas diatômicas (O₂). No entanto, ainda o chamamos de elemento porque:

* elementos são os blocos de construção fundamentais da matéria. O oxigênio (O) é um daqueles blocos de construção. Não pode ser dividido em substâncias mais simples por meios químicos comuns.
* Os elementos são definidos pelo seu número atômico. O oxigênio possui um número atômico de 8, o que significa que cada átomo de oxigênio possui 8 prótons em seu núcleo. É isso que o torna único e o distingue de outros elementos.
* O estado molecular é resultado da ligação química. Os átomos de oxigênio se ligam para formar moléculas diatômicas (O₂) para estabilidade. Essa ligação não muda a natureza fundamental do oxigênio como elemento.

Pense assim:um tijolo Lego é um elemento individual, mas você pode construir estruturas mais complexas conectando vários tijolos. A estrutura é feita de vários tijolos, mas os tijolos individuais continuam sendo os mesmos blocos fundamentais de construção. Da mesma forma, as moléculas de oxigênio são feitas de dois átomos de oxigênio, mas os próprios átomos ainda são o elemento oxigênio.