No íon IO4-, o átomo de iodo é rodeado por quatro átomos de oxigênio, formando uma estrutura tetraédrica. O ângulo de ligação entre o átomo de iodo e cada átomo de oxigênio é de 109,5 graus. Este ângulo é consistente com a geometria tetraédrica do íon, que possui quatro ligações equivalentes do átomo de iodo aos quatro átomos de oxigênio.