Os lisossomos são encontrados abundantemente em células que estão ativamente envolvidas na fagocitose , como:

* Glóbulos brancos (leucócitos): Essas células engolfam e destroem patógenos invasores, como bactérias e vírus.
* Macrófagos: Essas células especializadas são responsáveis pela limpeza de detritos celulares e patógenos.
* Neutrófilos: Estes são outro tipo de glóbulos brancos envolvidos no combate a infecções.

Outras células com alta concentração de lisossomos:

* Células do fígado: Essas células são responsáveis pela desintoxicação e pela decomposição de resíduos.
* Células renais: Essas células filtram os resíduos do sangue.

Os lisossomos também são encontrados em todas as células eucarióticas mas em concentrações mais baixas do que nas células mencionadas acima.