Os primeiros sistemas de classificação, como os de Aristóteles, focavam principalmente em animais e plantas . Eles foram amplamente baseados em características observáveis, e os microorganismos eram simplesmente pequenos demais para serem vistos a olho nu.

Portanto, microorganismos , incluindo bactérias, fungos, protistas e vírus, estavam ausentes a partir dessas classificações iniciais.

Foi apenas com a invenção do microscópio no século XVII que os cientistas começaram a descobrir e classificar esses organismos microscópicos.