Fermentação, estritamente falando, ocorre principalmente no citoplasma da célula.

No entanto, alguns processos de fermentação especializados pode ocorrer em outros compartimentos celulares:

* Mitocôndrias: Embora não esteja diretamente envolvido na fermentação, as mitocôndrias podem desempenhar um papel em certas vias de fermentação fornecendo substratos ou removendo subprodutos. Por exemplo, na fermentação do ácido lático, o piruvato produzido na glicólise é transportado para as mitocôndrias, onde pode ser processado posteriormente.
* Vacuols: Em alguns organismos, os vacúolos podem atuar como compartimentos de armazenamento para produtos de fermentação. Por exemplo, no fermento, o vacúolo pode armazenar etanol produzido durante a fermentação alcoólica.

É importante lembrar que essas são exceções e a grande maioria dos processos de fermentação ocorrem no citoplasma.