Não há um único microorganismo "menor". Existem muitos candidatos ao título, dependendo de como você mede "menor":

* por volume: vírus são geralmente considerados os menores microorganismos, sendo alguns tão pequenos quanto 20 nanômetros de diâmetro. No entanto, os vírus não são organismos tecnicamente vivos.
* por diâmetro: mycoplasma são um gênero de bactérias que estão entre os menores organismos de vida livre, com algumas espécies medindo apenas 0,1 micrômetros de diâmetro.
* por tamanho do genoma: nanoarcoeum equitans é um tipo de archaeon com o menor genoma conhecido, contendo apenas 490.885 pares de bases.

Por fim, o microorganismo "menor" depende de seus critérios.