A flora intestinal, também conhecida como microbiota intestinal, é composta principalmente por bactérias .

Embora existam também alguns fungos, vírus e archaea no intestino, as bactérias compõem a grande maioria (estimada em trilhões de bactérias). Essas bactérias pertencem a milhares de espécies diferentes, com os filos mais comuns:

* bacteroidetes: Essas bactérias desempenham um papel na quebra de carboidratos complexos e na produção de ácidos graxos de cadeia curta.
* firmicutes: Essas bactérias estão envolvidas na produção de vitaminas e na quebra das fibras alimentares.
* Actinobacteria: Essas bactérias contribuem para o desenvolvimento do sistema imunológico e ajudam na absorção de nutrientes.
* proteobactérias: Embora algumas proteobactérias sejam benéficas, outros podem ser patogênicos e contribuir para a inflamação intestinal.

A composição específica da flora intestinal varia de pessoa para pessoa, influenciada por fatores como genética, dieta, estilo de vida e medicamentos.