É difícil dizer definitivamente o microorganismo * Absoluto * menor visível apenas pelo microscópio eletrônico, pois novas descobertas estão sendo constantemente feitas. No entanto, alguns candidatos a este título incluem:

* vírus: Estes são geralmente considerados os menores agentes infecciosos e geralmente são pequenos demais para serem vistos com um microscópio leve. Os picovírus (como o poliovírus) estão entre os menores vírus conhecidos, com diâmetros em torno de 20 a 30 nanômetros.
* nanobactérias: São entidades controversas que alguns cientistas acreditam que são bactérias extremamente pequenas, possivelmente medindo apenas 50 a 100 nanômetros de diâmetro. No entanto, sua existência e classificação como bactérias ainda são debatidas.
* viróides: Estes são ainda menores que os vírus, consistindo em apenas uma fita curta de RNA sem revestimento de proteína. Eles podem ser tão pequenos quanto 246 nucleotídeos, o que se traduz em aproximadamente 10 nanômetros de comprimento.

É importante notar que esses são apenas alguns exemplos, e a pesquisa em andamento em microbiologia revela constantemente microorganismos novos e menores.