Enquanto muitos cientistas contribuíram para a compreensão das bactérias, a primeira pessoa a observar e descrever as bactérias foi Antonie van Leeuwenhoek no século XVII.

Ele usou um microscópio simples que ele se construiu para examinar a água da lagoa, a água da chuva e os raspamentos dos dentes. Ele ficou surpreso ao ver pequenas criaturas se movendo, que ele chamou de "AnimalCules". Embora ele não tenha entendido o que eram essas criaturas, suas observações e descrições detalhadas lançaram as bases para estudos futuros sobre microorganismos.