O modelo de relações evolutivas de clock molecular é baseado no pressuposto de que as alterações nas seqüências de macromoléculas ocorrem a uma taxa relativamente constante .

Isso significa que:

* mutações se acumulam em ritmo constante ao longo do tempo.
* O número de diferenças entre duas seqüências é proporcional ao tempo desde que divergiram de um ancestral comum.

Isso permite que os cientistas usem a taxa de evolução molecular para estimar o tempo de divergência entre diferentes espécies ou linhagens.

No entanto, é importante observar que o relógio molecular não é perfeito. A taxa de mutação pode variar dependendo de fatores como:

* o gene ou proteína específica que está sendo estudada.
* o tempo de geração do organismo.
* As pressões seletivas que atuam no organismo.

Portanto, o modelo de relógio molecular é frequentemente usado em conjunto com outros métodos para estimar as relações evolutivas e os tempos de divergência.