O glicogênio é encontrado principalmente em dois locais:

* fígado: O fígado armazena glicogênio como uma fonte prontamente disponível de glicose para o corpo. Quando os níveis de açúcar no sangue caem, o fígado quebra o glicogênio em glicose e o libera na corrente sanguínea.
* músculos: Os músculos também armazenam glicogênio, mas o usam principalmente para suas próprias necessidades de energia durante a atividade física. O glicogênio muscular não está prontamente disponível para outros tecidos.

Em quantidades menores, o glicogênio também pode ser encontrado em outros tecidos, como o cérebro e os rins.