Essa é uma ótima pergunta! As endonucleases não cortam o DNA "entre as extremidades" 5 'e 3'. Eles cortam dentro da fita de DNA, e sua atividade é determinada pela sequência de bases que reconhecem. Aqui está o porquê:

* Estrutura de DNA: O DNA é uma hélice dupla composta por duas cadeias antiparalelas. Uma fita corre de 5 'a 3' e o outro corre 3 'a 5'.
* Endonucleases 'Alvos: As endonucleases são enzimas que quebram as ligações de fosfodiester dentro de uma fita de DNA. Eles têm locais de reconhecimento específicos, que são sequências curtas de bases.
* Especificidade do corte: Uma endonuclease será cortada apenas em seu local de reconhecimento, independentemente da direcionalidade geral de 5 'a 3' da fita de DNA.

Aqui está um exemplo simplificado:

Imagine uma endonuclease reconhece a sequência "Gaattc". Ele cortará nessa sequência, independentemente de a fita que está agindo é a fita 5 'a 3' ou a fita 3 'a 5'.

em resumo: As endonucleases não cortam "entre as extremidades" 5 'e 3' da molécula de DNA. Eles cortam * dentro * da fita em sequências específicas que reconhecem. Sua ação é ditada pela sequência base e não pela direcionalidade da fita de DNA.