Os mapas de subestrutura fornecem evidências convincentes da presença de aglomerados de matéria escura nas galáxias. Ao analisar os movimentos das estrelas e do gás nas galáxias, os astrónomos podem criar mapas que revelam a distribuição da massa dentro destes sistemas. Estes mapas mostram frequentemente a presença de subestruturas, como galáxias satélites, correntes estelares e nuvens de gás, que não são diretamente visíveis, mas que ainda exercem uma influência gravitacional na matéria circundante.

A existência destas subestruturas sugere que a matéria escura não está distribuída suavemente pelas galáxias, mas forma aglomerados ou halos distintos. Esta distribuição irregular de matéria escura é consistente com as previsões de simulações de formação e evolução de galáxias e fornece suporte adicional para a existência desta forma misteriosa de matéria.