Um relógio molecular é um fenômeno onde a taxa de mutação de um segmento de DNA é aproximadamente constante ao longo do tempo. Isso significa que se compararmos dois organismos, quanto maior for o número de mutações entre os seus genes, mais tempo terá decorrido desde que divergiram de um ancestral comum. Os biólogos evolucionistas usam mudanças no DNA para deduzir a ordem cronológica dos eventos evolutivos.

Ao comparar sequências de DNA de diferentes espécies, os cientistas podem usar o número de mutações para calcular há quanto tempo essas espécies divergiram umas das outras. Este método tem sido usado para datar muitos eventos evolutivos, como a origem dos humanos e a extinção dos dinossauros.

Os relógios moleculares são frequentemente usados ​​em conjunto com outros métodos de datação, como registros fósseis, para fornecer uma estimativa mais precisa do tempo dos eventos evolutivos.

Alguns dos relógios moleculares mais comumente usados ​​incluem:
- O relógio do DNA mitocondrial, baseado na taxa de mutação do genoma mitocondrial.
- O relógio do DNA nuclear, baseado na taxa de mutação dos genes nucleares.
- O relógio do RNA ribossômico, baseado na taxa de mutação dos genes do RNA ribossômico.

A escolha do relógio molecular depende do evento evolutivo específico que está sendo estudado e da disponibilidade de dados de sequência de DNA.