A mesoamérica é cercada por vários corpos de água:

Para o leste:

* Mar do Caribe: Este grande mar forma a fronteira leste da Mesoamérica.
* Golfo do México: O Golfo do México fica a leste da Mesoamérica, na fronteira com a Península de Yucatán.

Para o oeste:

* Oceano Pacífico: O Oceano Pacífico forma o limite ocidental da Mesoamérica.

dentro da mesoamérica:

* Lago Nicarágua: Este é o maior lago da América Central, localizado na Nicarágua.
* lago atitlán: Este lindo lago está localizado na Guatemala, cercado por vulcões.
* lago izabal: Este grande lago está localizado na Guatemala, conectado ao mar do Caribe por um rio curto.
* Lago Chapala: Este é o maior lago do México, localizado no estado de Jalisco.
* lago texcoco: Este lago, agora drenado principalmente, era historicamente importante para a civilização asteca.

A Mesoamérica também possui vários rios, incluindo o rio Usumacinta, o rio Grijalva, o rio Motagua e o rio San Juan.