A água em aqüíferos vem de uma variedade de fontes:

* precipitação: Esta é a fonte mais comum de água subterrânea. Chuva, neve e granizo se infiltram no chão, percolando através do solo e das camadas de rocha até chegar à zona saturada onde o aqüífero existe.
* Água de superfície: Rios, lagos e riachos também podem contribuir para os aqüíferos através da infiltração. Isso acontece quando os níveis de água nesses corpos de superfície se elevam acima do lençol freático, permitindo que a água penetrasse no solo.
* condensado: Em alguns casos, o vapor de água na atmosfera pode se condensar no solo e nas rochas, contribuindo para a recarga dos aqüíferos.
* água antiga: Alguns aqüíferos mantêm água armazenada por milhares ou até milhões de anos. Essa água pode ter se infiltrado durante os períodos mais úmidos da história da Terra.

A quantidade de água que entra em um aqüífero dessas fontes depende de vários fatores, incluindo:

* Clima: Áreas com alta chuva terão mais água se infiltrando no solo do que as regiões secas.
* Geologia: O tipo de solo e rocha afetará a facilidade com que a água pode se infiltrar.
* Uso da terra: A urbanização e a agricultura podem reduzir a infiltração criando superfícies impermeáveis ​​e alterando os padrões de drenagem.

O reabastecimento dos aqüíferos é um processo lento e é essencial gerenciar os recursos das águas subterrâneas de forma sustentável para evitar o esgotamento.