A hidroxiapatita é formada a partir da combinação de dois minerais principais:

* fosfato de cálcio (ca₃ (po₄) ₂) :Isso fornece os íons de cálcio e fosfato que formam a estrutura básica do mineral.
* hidróxido de cálcio (CA (OH) ₂) :Isso contribui com os íons hidróxidos (oh⁻) que dão ao nome da hidroxiapatita e propriedades exclusivas.

Embora estes sejam os principais componentes, quantidades vestigiais de outros elementos, como fluoreto, cloreto e carbonato, podem ser incorporadas à estrutura de hidroxiapatita.