Embora as moléculas orgânicas e inorgânicas tenham características distintas, elas compartilham algumas semelhanças importantes:

* Ambos são compostos de átomos. Os blocos básicos de construção de toda a matéria, seja uma molécula de água simples ou uma proteína complexa, são átomos.
* Ambos seguem as leis da química. Os princípios de ligação química, cinética de reação e termodinâmica se aplicam igualmente às moléculas orgânicas e inorgânicas.
* Ambos podem participar de reações químicas. Ambos os tipos de moléculas podem interagir entre si e formar novas substâncias através de reações químicas.
* Ambos podem ser encontrados em organismos vivos. Embora as moléculas orgânicas sejam os principais blocos de construção da vida, as moléculas inorgânicas desempenham papéis cruciais nos processos biológicos. Por exemplo, a água é essencial para todos os seres vivos, e minerais como cálcio e ferro são necessários para várias funções corporais.

Em essência, moléculas orgânicas e inorgânicas fazem parte do mesmo mundo químico e são governadas pelas mesmas leis fundamentais da química. Eles simplesmente diferem nos tipos de átomos que contêm e na complexidade de suas estruturas.