1. Separação aprimorada de DNA:
Condições alcalinas (normalmente em torno de pH 8,0 a 9,5) são preferidas na eletroforese para separar fragmentos de DNA porque melhoram a resolução e a separação das moléculas de DNA. Em pH alcalino, a estrutura do DNA torna-se mais carregada negativamente devido à desprotonação dos grupos fosfato. Este aumento da carga negativa aumenta a mobilidade eletroforética das moléculas de DNA, permitindo uma melhor separação com base no tamanho.

2. DNA de fita simples:
As condições alcalinas promovem a desnaturação do DNA de fita dupla em DNA de fita simples. As moléculas de DNA de fita simples têm formato e tamanho mais uniformes em comparação com o DNA de fita dupla, o que facilita sua separação durante a eletroforese.

3. Estabilidade do gel:
Os tampões alcalinos contribuem para a estabilidade dos géis de agarose utilizados na eletroforese. Os géis de agarose tendem a derreter em temperaturas mais altas e as condições alcalinas ajudam a manter sua integridade durante a eletroforese, evitando a deformação do gel.

4. Ligação de brometo de etídio:
O brometo de etídio é um corante fluorescente comumente usado para visualizar DNA em géis de eletroforese. Sob condições alcalinas, o brometo de etídio liga-se de forma mais eficiente ao ADN de cadeia simples, aumentando a intensidade da fluorescência e tornando as bandas de ADN mais visíveis.

5. Prevenção de fragmentação de DNA:
As condições alcalinas minimizam a atividade das DNases, que são enzimas que podem degradar o DNA. O pH elevado inibe a atividade dessas enzimas, preservando a integridade dos fragmentos de DNA durante a eletroforese.

No geral, as condições alcalinas na eletroforese proporcionam melhor resolução, melhor separação do DNA, estabilidade do gel, melhor ligação do brometo de etídio e proteção contra a degradação do DNA, tornando-as a escolha preferida para análise de DNA e técnicas de separação.