p Por mais de uma década, cientistas que estudam epigenética usaram um método poderoso chamado ChIP-seq para mapear mudanças em proteínas e outros fatores regulatórios críticos em todo o genoma. Embora o ChIP-seq forneça insights inestimáveis ​​sobre os fundamentos da saúde e da doença, ele também enfrenta um desafio frustrante:seus resultados são frequentemente vistos como qualitativos em vez de quantitativos, tornando a interpretação difícil. p Mas, acontece que, ChIP-seq pode ter sido quantitativo o tempo todo, de acordo com um relatório recente selecionado como Seleção dos Editores por e apresentado na capa do Journal of Biological Chemistry .

p "ChIP-seq é a espinha dorsal da pesquisa epigenética. Nossas descobertas desafiam a crença de que etapas adicionais são necessárias para torná-la quantitativa, "disse Brad Dickson, Ph.D., um cientista da equipe do Instituto Van Andel e o autor correspondente do estudo. "Nossa nova abordagem fornece uma maneira de quantificar os resultados, tornando o ChIP-seq mais preciso, enquanto deixa os protocolos padrão intactos. "

p As tentativas anteriores de quantificar os resultados do ChIP-seq levaram a etapas adicionais sendo adicionadas ao protocolo, incluindo o uso de "spike-ins, "que são aditivos projetados para normalizar os resultados de ChIP-seq e revelar alterações nas histonas que, de outra forma, podem ser obscurecidas. Essas etapas extras aumentam a complexidade dos experimentos ao mesmo tempo que adicionam variáveis ​​que podem interferir na reprodutibilidade. o estudo também identifica um problema de sensibilidade na normalização de pico que não foi discutido anteriormente.

p Usando um modelo físico preditivo, Dickson e seus colegas desenvolveram uma nova abordagem chamada método sans-spike-in para sequenciamento quantitativo de chips, ou siQ-ChIP. Ele permite que os pesquisadores sigam o protocolo padrão ChIP-seq, eliminando a necessidade de spike-ins, e também descreve um conjunto de medições comuns que devem ser relatadas para todos os experimentos ChIP-seq para garantir a reprodutibilidade, bem como a quantificação.

p Ao alavancar a reação de ligação na etapa de imunoprecipitação, O siQ-ChIP define uma escala física para resultados de sequenciamento que permite a comparação entre experimentos. A escala quantitativa é baseada na isoterma de ligação dos produtos de imunoprecipitação.