p Um par de pesquisadores da Universidade da Califórnia, São Francisco, desenvolveu uma nova estrutura de proteína que permite simplificar o processo de design personalizado de proteínas. Em seu artigo publicado na revista Ciência , Nicholas Polizzi e William DeGrado discutem sua unidade estrutural e como a usaram. Anna Peacock, com a Universidade de Birmingham, publicou um artigo da Perspective que descreve o trabalho da equipe na Califórnia na mesma edição do jornal. p Uma das coisas que os químicos são solicitados a fazer é desenvolver proteínas personalizadas para uso em certas aplicações especiais. Como observam os pesquisadores, fazer isso é considerado muito desafiador. Geralmente envolve uma quantidade considerável de tentativa e erro, o que geralmente se traduz em altos custos de desenvolvimento. Neste novo esforço, os pesquisadores desenvolveram uma nova unidade de estrutura de proteína para ajudar com esses projetos. Eles a chamam de estrutura de van der Mer e descrevem como ela pode ser usada para mapear diretamente a funcionalidade do grupo químico do ligante para as coordenadas do esqueleto do resíduo do peptídeo.

p Para criar a nova estrutura, a dupla de pesquisa analisou milhares de estruturas de proteínas no Protein Data Bank. Sua abordagem diferia da norma por ignorar o posicionamento das cadeias laterais para o resíduo de aminoácido e, em vez disso, se concentrar nos grupos químicos que contatavam os resíduos. Usando este método, eles foram capazes de projetar duas novas proteínas que poderiam ser usadas para identificar um medicamento chamado apixaban. Notavelmente, sua abordagem envolvia fazer apenas seis sequências. Antes de seu trabalho, tal processo normalmente levaria muito mais.

p O nome da nova estrutura veio da combinação das forças de atração de van der Waals com rotâmeros - os tipos de conformações de cadeia lateral que os aminoácidos podem assumir. A nova estrutura funciona mapeando a espinha dorsal dos aminoácidos para localizações de produtos químicos no banco de dados de proteínas envolvidos nas interações com eles. Os pesquisadores observam que apenas recentemente o banco de dados passou a conter informações suficientes para permitir seu uso em tal aplicativo. E eles também observam que a técnica e a estrutura também podem ser usadas para produzir veículos de entrega baseados em proteínas e também em aplicações de pequenas moléculas. p © 2020 Science X Network