As duas organelas mais frequentemente citadas como evidência para a teoria endossimbiótica são:

* Mitocôndrias: Essas organelas são responsáveis pela respiração celular e produção de energia. Eles têm seu próprio DNA, separados do DNA nuclear da célula, e os ribossomos que se assemelham aos encontrados nas bactérias. Isso sugere que as mitocôndrias já foram bactérias de vida livre que foram envolvidas por uma célula maior.
* cloroplastos: Essas organelas são responsáveis pela fotossíntese em plantas e algas. Eles também têm seu próprio DNA e ribossomos semelhantes aos encontrados nas bactérias. Isso sugere que os cloroplastos já foram cianobactérias de vida livre que foram engolidos por uma célula maior.

A teoria endossimbiótica propõe que essas organelas já foram procariontes de vida livre que foram engolidos por células maiores e eventualmente se integraram à célula hospedeira. As semelhanças entre essas organelas e bactérias em termos de DNA, ribossomos e suas próprias membranas apóiam fortemente essa teoria.