Os cinco grupos básicos de microorganismos são:

1. bactérias: Prokariontes de célula única (sem um núcleo) com diversas formas, tamanhos e capacidades metabólicas. Eles são encontrados em todos os ambientes e desempenham papéis cruciais em ecossistemas e saúde humana.
2. Archaea: Prokariotos de célula única que são distintos das bactérias, geralmente encontrados em ambientes extremos, como fontes termais e lagos salgados. Eles também são essenciais em vários ecossistemas e têm aplicações em potencial em biotecnologia.
3. fungos: Organismos eucarióticos (com um núcleo) que incluem leveduras, moldes e cogumelos. São decompositores importantes e desempenham um papel na produção de alimentos e na medicina.
4. protozoário: Organismos eucarióticos de célula única com uma ampla gama de formas e ciclos de vida. Eles são diversos em seus habitats e estão envolvidos em cadeias alimentares e transmissão de doenças.
5. vírus: Entidades não vivas que consistem em material genético (DNA ou RNA) fechado em um revestimento de proteína. Eles exigem que uma célula hospedeira se replique e pode causar várias doenças.

É importante observar que, embora estes sejam os cinco grupos principais, existem outros microorganismos, como as algas (Organismos eucarióticos que executam a fotossíntese), príons (proteínas dobradas que podem causar doenças) e viróides (Pequenas moléculas de RNA infecciosas). No entanto, eles geralmente não são incluídos nos "cinco grupos básicos", pois são menos diversos ou têm papéis mais especializados em comparação com os cinco mencionados acima.