Os microscópios são usados em uma ampla gama de campos científicos , incluindo:

* Biologia: Estudando células, tecidos e microorganismos
* medicamento: Diagnóstico de doenças, examinando sangue e outros fluidos corporais e realização de cirurgia
* Química: Observar reações químicas, analisar materiais e estudar estruturas cristalinas
* Ciência dos materiais: Examinando a estrutura e as propriedades dos materiais
* Geologia: Analisando rochas, minerais e fósseis
* Engenharia: Inspecionar a qualidade das peças e componentes fabricados
* ciência forense: Examinando evidências como fibras, cabelos e impressões digitais
* Agricultura: Estudando plantas, pragas e doenças

Essencialmente, qualquer campo em que os detalhes de pequenos objetos sejam importantes depende da microscopia.