Existem várias bases para classificar organismos, cada um com seu próprio foco e nível de detalhe. Aqui estão alguns dos mais comuns:

1. Classificação filogenética (relações evolutivas):
- foco: Este é o sistema mais moderno e amplamente aceito. Ele usa relacionamentos evolutivos para agrupar organismos.
- base: Ancestralidade compartilhada, conforme determinado pela comparação de características físicas, informações genéticas (seqüências de DNA e RNA) e evidência fóssil.
- Hierarquia: Este sistema usa uma classificação hierárquica, começando com as categorias mais amplas e se tornando mais específica. Os principais níveis são:
- domínio
- Reino
- Phylum
- Aula
- Ordem
- Família
- Gênero
- Espécies

2. Classificação morfológica (características físicas):
- foco: Este sistema agrupa os organismos baseados em seus traços físicos observáveis.
- base: Forma, tamanho, cor, número de membros, presença ou ausência de estruturas específicas, etc.
- Limitações: Esse método pode ser enganoso, pois os organismos relacionados à distância podem desenvolver características físicas semelhantes devido a ambientes ou estilos de vida semelhantes.

3. Classificação bioquímica (características moleculares):
- foco: Este sistema analisa a composição química e a estrutura dos organismos.
- base: Proteínas, enzimas, DNA, RNA e outras biomoléculas.
- Vantagens: Fornece informações mais precisas sobre relacionamentos evolutivos do que a morfologia sozinha.

4. Classificação ecológica (habitat e função):
- foco: Este sistema agrupa os organismos com base em seus relacionamentos com o ambiente.
- base: Tipo de habitat, hábitos de alimentação, relações simbióticas, papéis ecológicos (por exemplo, decompositores, produtores).

5. Classificação fenética (similaridade geral):
- foco: Esse sistema agrupa os organismos com base em sua semelhança geral, sem considerar as relações evolutivas.
- base: Uma análise numérica de muitas características diferentes, incluindo características morfológicas, bioquímicas e ecológicas.
- Limitações: Pode agrupar os organismos que não estão intimamente relacionados, mas compartilham muitas semelhanças superficiais.

6. Classificação artificial (fins práticos):
- foco: Esse sistema classifica os organismos baseados em critérios práticos, como sua importância econômica ou facilidade de identificação.
- base: Por exemplo, agrupar plantas por suas partes comestíveis ou animais por seu uso agrícola.
- Limitações: Este sistema não se baseia em relacionamentos naturais e pode ser inconsistente com outras classificações.

É importante observar que diferentes sistemas de classificação não são mutuamente exclusivos. Os cientistas geralmente usam uma combinação desses métodos para obter uma compreensão abrangente da diversidade e das relações de organismos vivos.