Além do DNA e RNA, vários outros tipos de moléculas podem ser usados para determinar as relações evolutivas entre os organismos baseados em comparações bioquímicas. Estes incluem:

1. Proteínas:

* sequências de aminoácidos: Comparar as seqüências de aminoácidos de proteínas homólogas (proteínas com ascendência compartilhada) pode revelar relações evolutivas. Isso ocorre porque as mutações se acumulam ao longo do tempo, resultando em diferenças nas sequências de aminoácidos entre as espécies.
* Estrutura da proteína : A estrutura tridimensional das proteínas também pode ser informativa. Estruturas proteicas semelhantes geralmente refletem a história evolutiva compartilhada.

2. Carboidratos:

* Estrutura de polissacarídeo: Embora menos comumente usado que as proteínas ou o DNA, a estrutura de carboidratos complexos (como os encontrados nas paredes celulares) pode ser informativa, principalmente para o estudo de relações entre espécies intimamente relacionadas.

3. Lipídios:

* Composição de ácidos graxos: A composição dos ácidos graxos nas membranas pode ser usada para estudar relações evolutivas, particularmente entre bactérias e archaea.

4. Metabólitos:

* Caminhos metabólicos: Comparar as enzimas e as vias envolvidas no metabolismo pode revelar conexões evolutivas. Os organismos com vias metabólicas semelhantes provavelmente estarão mais intimamente relacionadas.

5. Pequenas moléculas:

* Metabólitos secundários: São pequenas moléculas produzidas por organismos que não estão diretamente envolvidos em processos metabólicos essenciais, mas geralmente desempenham papéis na defesa, sinalização ou outras funções. A presença ou ausência de metabólitos secundários específicos pode ser usada para inferir relacionamentos.

fatores a serem considerados:

* taxa evolutiva: Diferentes moléculas evoluem em taxas diferentes. Por exemplo, o DNA evolui relativamente lentamente, enquanto as proteínas podem evoluir mais rapidamente. A escolha da molécula deve ser apropriada para a escala de tempo das relações evolutivas que estão sendo investigadas.
* Disponibilidade de dados: A disponibilidade de sequência ou dados estruturais para a molécula em questão é essencial para a análise.
* Homologia: Garantir que as moléculas comparadas sejam verdadeiramente homólogas (compartilham um ancestral comum) seja crucial para uma inferência evolutiva precisa.

É importante observar que o uso de uma combinação de diferentes fontes de dados moleculares fornece a compreensão mais robusta e abrangente das relações evolutivas. Esta abordagem, conhecida como filogenômica , aproveita os pontos fortes de cada tipo de molécula para criar uma árvore evolutiva mais precisa e detalhada.