Não é preciso dizer que as bactérias compõem dois dos três domínios da vida. Existem três domínios da vida:

* Bactérias : Estes são procariontes unicelulares (organismos sem núcleo). Eles são incrivelmente diversos e podem ser encontrados em quase todos os ambientes da Terra.
* Archaea: Estes também são procariontes unicelulares, mas são distintos das bactérias em sua bioquímica e genética. Eles costumam viver em ambientes extremos, como fontes termais ou lagos altamente salinos.
* Eukarya: Estes são organismos com células que possuem um núcleo e outras organelas ligadas à membrana. Esse domínio inclui todas as plantas, animais, fungos e protistas.

Então, bactérias representam apenas um dos três domínios da vida .

A razão pela qual existem três domínios é baseada nas diferenças fundamentais em sua história evolutiva, estrutura celular e bioquímica. Enquanto as bactérias e os archaea são procariontes, eles são tão diferentes um do outro quanto dos eucariotos.