Uma grande diferença entre o domínio eukarya e os domínios bactérias e archaea é a presença de um núcleo .

* eucariotos tem um núcleo verdadeiro fechado por uma membrana, que abriga seu material genético (DNA).
* Bactérias e Archaea são prochootes , o que significa que eles não têm um núcleo ligado à membrana . Seu DNA está localizado em uma região chamada nucleóide, mas não é separada do restante da célula por uma membrana.