Archaea e bactérias foram agrupadas como procariontes até recentemente porque compartilham várias características importantes:

* Falta de um núcleo: Tanto o Archaea quanto as bactérias não têm um núcleo ligado à membrana, que abriga seu material genético (DNA).
* estrutura celular simples: Ambos são organismos unicelulares com estruturas internas relativamente simples em comparação com células eucarióticas.
* Tamanho: Tanto o archaea quanto as bactérias são geralmente pequenos em tamanho, normalmente apenas alguns micrômetros de diâmetro.
* Aparência semelhante sob um microscópio: Sob um microscópio, ambos os tipos de células parecem muito semelhantes, sem as estruturas internas complexas observadas nos eucariotos.

No entanto, os avanços na biologia molecular, particularmente a análise do RNA ribossômico (rRNA), revelaram diferenças significativas entre os archaea e as bactérias. Essas diferenças levaram à reclassificação da Archaea como um domínio separado da vida:

* sequências rRNA distintas: Archaea tem uma sequência de rRNA única que é significativamente diferente das bactérias, indicando uma divergência evolutiva mais profunda.
* Composição diferente da parede celular: As paredes celulares dos archaea são compostas de moléculas diferentes que as paredes celulares bacterianas.
* vias metabólicas distintas: As archaea têm vias metabólicas únicas que não são encontradas em bactérias, incluindo a capacidade de prosperar em ambientes extremos.

Essa evidência molecular levou ao sistema de classificação de três domínios, que separa a vida em bactérias, archaea e eukarya.