As mudanças ambientais podem afetar as formas do RNA nas células vivas através de vários mecanismos. Aqui estão algumas maneiras pelas quais os fatores ambientais podem influenciar a estrutura do RNA:

Temperatura: As mudanças de temperatura podem alterar a estabilidade e a conformação das moléculas de RNA. Temperaturas mais altas geralmente levam ao aumento da flexibilidade e mudanças conformacionais nas estruturas do RNA. Isto pode perturbar o emparelhamento de bases e alterar a forma geral da molécula de RNA. Por exemplo, a estabilidade das estruturas secundárias do RNA, tais como alças em gancho e alças internas, pode ser afetada por mudanças de temperatura, influenciando a acessibilidade de certas regiões da molécula de RNA.

pH: Mudanças no pH podem afetar os estados de ionização das bases dos nucleotídeos no RNA, levando a alterações na distribuição de carga e na forma geral da molécula. O pH pode influenciar a protonação ou desprotonação de bases específicas, o que pode romper os padrões de ligações de hidrogênio e alterar a estrutura molecular do RNA.

Força iônica: A força iônica do ambiente pode afetar as interações eletrostáticas dentro da molécula de RNA e suas interações com outras moléculas. Ambientes de alta força iônica podem enfraquecer as interações eletrostáticas entre moléculas de RNA carregadas negativamente e íons carregados positivamente, levando a mudanças conformacionais e ao desdobramento potencial da estrutura do RNA.

Ligantes e pequenas moléculas: A presença de ligantes, íons ou moléculas pequenas específicas pode se ligar às moléculas de RNA e afetar seus formatos. Estas interações podem induzir mudanças conformacionais, estabilizar certos elementos estruturais ou interromper interações específicas de RNA. Por exemplo, íons metálicos podem se ligar a nucleotídeos específicos e estabilizar certas dobras de RNA, enquanto moléculas pequenas como a teofilina demonstraram influenciar a dinâmica conformacional das estruturas de RNA.

Aglomeração celular: O ambiente lotado dentro das células vivas pode impactar o dobramento e a estrutura do RNA. As interações com outras moléculas, como proteínas, lipídios e outros RNAs, podem influenciar a paisagem conformacional das moléculas de RNA. Os efeitos de aglomeração podem modular a acessibilidade de certas regiões de RNA, alterar a estabilidade de elementos estruturais e influenciar a forma geral e a dinâmica das moléculas de RNA.

Modificações pós-transcricionais: As mudanças ambientais também podem afetar indiretamente as formas do RNA através de modificações pós-transcricionais. Modificações como metilação, pseudouridilação e edição de adenosina para inosina podem alterar as propriedades químicas da molécula de RNA, influenciando seu dobramento e estabilidade estrutural.

Compreender o impacto das mudanças ambientais nas formas do RNA é essencial para decifrar as complexas interações e mecanismos regulatórios que ocorrem nas células vivas. Essas alterações podem influenciar a estabilidade, função e interações do RNA com outras biomoléculas, afetando, em última análise, vários processos celulares, incluindo expressão gênica, processamento de RNA e sinalização celular.