Normalmente, cada molécula de DNA dentro de suas células contém dois fios unidos por interações chamadas ligações de hidrogênio. Mudanças nas condições, no entanto, podem "desnaturar" o DNA e fazer com que esses fios se separem. A adição de bases fortes, como o NaOH, aumenta drasticamente o pH, diminuindo a concentração de íons hidrogênio da solução e desnaturando o DNA de dupla fita.
Efeitos do pH

A concentração e o pH do íon hidróxido têm uma correlação direta , ou seja, quanto maior o pH, maior a concentração de hidróxido. Da mesma forma, quanto menor a concentração de íons hidrogênio, diminui. Em pH alto, então, a solução é rica em íons hidróxido, e esses íons carregados negativamente podem extrair íons hidrogênio de moléculas como os pares de bases no DNA. Esse processo interrompe a ligação do hidrogênio que mantém as duas cadeias de DNA juntas, fazendo com que se separem.
RNA vs. DNA

Ao contrário do RNA, o DNA não possui um grupo hidroxila na posição 2 'de cada grupo de açúcar. Essa diferença torna o DNA muito mais estável em solução alcalina. No RNA, o grupo hidroxila na posição 2 'pode liberar um íon hidrogênio na solução em pH alto, criando um íon alcóxido altamente reativo que ataca o grupo fosfato mantendo dois nucleotídeos vizinhos juntos. O DNA não sofre desse defeito e, portanto, goza de estabilidade notável a pH alto.
Lise Alcalina
Os biólogos moleculares costumam fazer uso da desnaturação alcalina para isolar o DNA plasmídico das bactérias. Os plasmídeos são pequenas voltas de DNA separadas do cromossomo bacteriano. Em um miniprep de lise alcalina, os biólogos adicionam detergente e hidróxido de sódio às bactérias suspensas em solução. O detergente dissolve a membrana celular bacteriana, enquanto o hidróxido de sódio aumenta o pH e torna a solução altamente alcalina. À medida que as células quebradas liberam seu conteúdo, o DNA se separa em seus fios componentes, ou desnatura.
Reanálise -

Depois que o biólogo extrai o DNA da célula, ele adiciona outro reagente para retornar a solução a um pH mais neutro e precipite o detergente. A mudança no pH permite que as cadeias plasmídicas reanimem; o cromossomo volumoso, no entanto, não pode fazer o mesmo; portanto, o biólogo pode removê-lo juntamente com o detergente, as proteínas desnaturadas e outras porcarias variadas, deixando o plasmídeo para trás. A lise alcalina não purifica completamente o DNA do plasmídeo; em vez disso, serve como uma maneira "rápida e suja" de extraí-lo da célula e remover a maioria dos outros contaminantes.