Código Genético
Em protistas, bactérias e todos os outros organismos, certas seqüências químicas pares de bases no código de DNA para certos aminoácidos. O código é quase universal, no sentido de que a mesma seqüência do DNA codificará a mesma seqüência de aminoácidos tanto em um protista quanto em uma bactéria. Exceções a essa universalidade incluem o fato de que algumas bactérias usam a sequência UAG para codificar a pirrolisina, em vez de um códon de parada, que é como ela é usada em outros organismos. No entanto, na maior parte, o código é uma semelhança notável entre bactérias e protistas.
Ribossomos
Ambas as bactérias e protistas primeiro transcrevem seções de seu código de DNA em RNA, então traduzem esse RNA em proteína usando estruturas complexas chamadas ribossomos. Mais uma vez, protistas e bactérias compartilham essas semelhanças com todas as outras formas conhecidas de vida. A estrutura do ribossomo difere um pouco entre bactérias e eucariontes como os protistas. Esta diferença também é importante porque alguns antibióticos matam as bactérias, fazendo uso das diferenças entre os ribossomos bacterianos e eucarióticos.
Membranas Celulares
Tanto as bactérias quanto os protistas têm membranas celulares feitas de substâncias químicas chamadas fosfolipídios. Um fosfolipídio em uma bactéria ou um protista possui um grupo solúvel em água em uma extremidade e uma cauda insolúvel em água na outra, de modo que as membranas celulares de bactérias e protistas são construídas a partir de uma bicamada de fosfolipídios. As caudas de ambos apontam para o centro da bicamada. As bactérias têm uma parede celular, além de sua membrana celular, no entanto, e algumas bactérias têm uma membrana interna e externa.
Processos altamente conservados
Bactérias e protistas compartilham semelhanças marcantes em vários processos bioquímicos que também são muito semelhantes aos de todas as outras formas de vida. O processo que bactérias e protistas usam para quebrar a glicose é chamado de glicólise. Embora existam algumas variações, a glicólise ocorre em quase todos os organismos conhecidos. Da mesma forma, o processo de replicação do DNA é muito semelhante entre bactérias e protistas, com algumas pequenas diferenças.